組織(そしき）におけるガス交換(こうかん）のこと。組織呼吸(そしきこきゅう）・細胞呼吸(さいぼうこきゅう）ともいう。肺(はい）の外呼吸(こきゅう）によって体内にとりこまれた酸素(さんそ）^＊は血液(けつえき）によって組織(そしき）まで運ばれ，組織(そしき）の細胞(さいぼう）にあたえられる。また，組織(そしき）で発生した二酸化炭素(にさんかたんそ）^＊は，血液(けつえき）の中に入り肺(はい）まで運ばれる。このように全身の組織(そしき）では細胞(さいぼう）と血液(けつえき）の間で組織液(そしきえき）を通してガス交換(こうかん）が行われている。この作用は組織細胞(そしきさいぼう）と血液(けつえき）との間の酸素(さんそ）・二酸化炭素(にさんかたんそ）の濃度差(のうどさ）（ガス分圧(ぶんあつ）の差(さ））によっておこる。また，内呼吸(こきゅう）という言葉は呼吸基質(こきゅうきしつ）を分解(ぶんかい）して，エネルギーをひきだす働(はたら）き，つまり呼吸(こきゅう）の本質(ほんしつ）そのものをさす場合に用いられることがある。外呼吸(がいこきゅう）