組織におけるガス交換のこと。組織呼吸・細胞呼吸ともいう。肺の外呼吸によって体内にとりこまれた酸素は血液によって組織まで運ばれ,組織の細胞にあたえられる。また,組織で発生した二酸化炭素は,血液の中に入り肺まで運ばれる。このように全身の組織では細胞と血液の間で組織液を通してガス交換が行われている。この作用は組織細胞と血液との間の酸素・二酸化炭素の濃度差(ガス分圧の差)によっておこる。また,内呼吸という言葉は呼吸基質を分解して,エネルギーをひきだす働き,つまり呼吸の本質そのものをさす場合に用いられることがある。