法務大臣が，その長であるところの行政機関の検察庁の検察官を，検事総長をとおして指揮命令できる権利。検察官は起訴権限を独占し，政治的な圧力を不当に受けない独立性を認められている。したがって，法務大臣が指揮権を発動できるのは，国家を重大な危険におとしいれる事件（内乱罪，外患罪，破壊活動防止法違反など）に関わる場合のみとする意見が強い。指揮権発動のかたちとしては，強制捜査中止，不起訴処分，強制捜査督励などがある。現在まで指揮権が発動されたと認められているのは1例のみで，1954（昭和29）年，造船疑獄の収賄容疑で捜査中の佐藤栄作自民党幹事長を，法務大臣犬養健が指揮権発動によって，強制捜査の中止，逮捕請求の無期限延期を命令したといわれるものである。また，1970年代から現在まで8件ほど，指揮権発動が疑われたり（確認されていない）発動の可能性が考えられた事例が存在する。
