独立した法人格をもつ，国公立の研究機関や病院，博物館・美術館，中央省庁の現業部門のこと。1999（平成11）年の中央行政機構改革の一環として各機関の法人化が進められ，まず2001（平成13）年4月から国立公文書館，産業技術総合研究所など57の機関が法人として発足，2003年に財務省の造幣局と印刷局，2004年には国立病院・療養所，国立大学がそれぞれ独立行政法人となった。また，2004年4月施行の地方独立行政法人法により地方自治体でも公営企業・社会福祉事業の法人化が進められている。独立行政法人には企業的な会計手法が導入され，原則として企業監査人の監査を受ける。法人所得税や固定資産税の納税も義務づけられている。
